Система управління школою базується на законодавчих нормах законів України «Про освіту», «Про повну загальну середню освіту», Статуті Черкаської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів № 21 ім. Ю.Г. Іллєнка Черкаської міської ради Черкаської області.

Управління закладом освіти в межах повноважень, визначених законами та установчими документами здійснюють:

• засновник – Черкаська міська рада, уповноваженим органом якого є Департамент освіти та гуманітарної політики Черкаської міської ради. Засновник здійснює фінансування закладу, його матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, встановлює їх статус, організовує будівництво і ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, підвезення, харчування учнів;

• керівник закладу освіти – директор Блощаневич Вікторія Вікторівна. Керівник школи здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження та відповідальність керівника закладу освіти визначаються законом та установчими документами;

• педагогічна рада – колегіальний орган управління школою. Керівник закладу є головою педагогічної ради;

• загальні збори (конференція) колективу Черкаської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів № 21 ім. Ю.Г. Іллєнка – вищий колегіальний орган громадського самоврядування закладу освіти.

Громадське самоврядування в школі – це право учасників освітнього процесу як безпосередньо, так і через органи громадського самоврядування колективно розв'язувати питання організації та забезпечення освітнього процесу в закладі освіти, захисту їхніх прав та інтересів, організації дозвілля та оздоровлення, брати участь у громадському нагляді (контролі) та в управлінні закладом освіти у межах повноважень, визначених законом та установчими документами закладу освіти.

За ініціативи учасників освітнього процесу діють:

- органи самоврядування працівників (збори трудового колективу, первинна ланка профспілкового комітету);

- органи Шкільного парламенту;

- органи батьківського самоврядування (батьківський комітет, батьківські збори).

Також у школі функціонують:

• Рада школи, що виконує делеговані загальними зборами (конференцією) повноваження та діє в період між загальними зборами;

• предметні комісії (об'єднання) вчителів, що реалізовують методичні засади діяльності в рамках предметних галузей;

За новим типом ЗЗСО: Ліцей з початковою школою та гімназією.

Гуртожитки, пансіони та інтернати у складі школи відсутні.